Genotypowanie mikroorganizmów

Metody oparte o analizę materiału genetycznego stanowią znakomite uzupełnienie tradycyjnej diagnostyki mikrobiologicznej (identyfikacja, wykrywanie, różnicowanie). Stosowanie tych metod umożliwia skuteczne rozpoznawanie szeregu chorób infekcyjnych, nawet we wczesnych etapach choroby. Umożliwiają one również różnicowanie szczepów w obrębie gatunku. Zaletą technik molekularnych jest m.in. skrócenie czasu wykonywanych analiz, zmniejszenie kosztów i pracochłonności, a także uniwersalność stosowanej aparatury i odczynników w porównaniu z metodami klasycznymi.

Oferujemy możliwość przeprowadzenia genotypowania szczepów bakteryjnych lub grzybowych. Proponujemy następujące techniki oparte na analizie DNA:

• RAPD (ang. Random Amplified Polymorphic DNA) jest to jedna z najpopularniejszych metod PCR fingerprinting. Szerokie zastosowanie w badaniach epidemiologicznych zawdzięcza szybkości i prostocie wykonania. Technika RAPD opiera się na reakcji PCR, przy zastosowaniu jednego lub kilku starterów, które łączą się do matrycy losowo, z określoną wydajnością, z mniej lub bardziej homologicznymi sekwencjami, w niskiej temperaturze przyłączania. W wyniku reakcji PCR uzyskuje się określony profil genotypowy, pozwalający następnie na analizę i porównanie poszczególnych izolatów.
• Rybotypowanie opiera się na analizie genów kodujących rybosomalny RNA (rRNA), znajdujących się w operonach rrn. Między sekwencjami odpowiedzialnymi za syntezę podjednostek rybosomalnych 16S, 23S i 5S rRNA występują regiony polimorficzne o zróżnicowanej wielkości i sekwencji. Te regiony operonów stanowią doskonały cel molekularny wykorzystywany w badaniach filogenetycznych.
• Multiplex PCR jest odmianą reakcji PCR umożliwiającą jednoczesną amplifikację dwóch lub więcej różnych fragmentów DNA, przy zastosowaniu więcej niż jednej pary starterów. W ten sposób można wykrywać w jednej probówce DNA pochodzące od różnych organizmów, bądź też amplifikować kilka fragmentów DNA w obrębie tego samego genomu, uzyskując tym samym większą ilość informacji o badanym materiale.
• PCR-RFLP (ang. Restriction Fragment Length Polymorphism) polega na analizie określonych rejonów genomu, które po uprzedniej amplifikacji poddawane są analizie restrykcyjnej. Doboru amplifikowanej sekwencji dokonuje się biorąc pod uwagę cel przeprowadzanej analizy. Może to być sekwencja specyficzna gatunkowo, umożliwiająca jednoczesną identyfikację rodzajową lub gatunkową, bądź też region umożliwiający przeprowadzenie analizy filogenetycznej. Metoda wykorzystywana jest również do wykrywania mutacji punktowych.
• PCR MP (ang. PCR Melting Profile) jest jedną z technik opartych o metody ligacji adaptorów LM PCR (ang. Ligation Mediated PCR). Metoda PCR MP znajduje zastosowanie w typowaniu genetycznym szczepów bakteryjnych i grzybowych. Wykorzystuje ona fakt, iż do powielania fragmentu DNA za pomocą PCR niezbędna jest całkowita jego denaturacja. Amplifikacja ograniczonej liczby fragmentów następuje dzięki zastosowaniu niższej niż w klasycznej reakcji PCR temperatury denaturacji. Metoda została wykorzystana do typowania genetycznego m.in.: Escherichia coli, Enterococcus faecium, E. faecalis, Staphylococcus aureus, Serratia marcescens, Klebsiella pneumoniae, K. oxytoca, Pseudomonas aeruginosa, P. fluorescens, P. putida, Candida albicans, Trichophyton rubrum oraz T. interdigitale.
• ADSRRS (ang. Amplification of DNA Surrounding Rare Restriction Site) jest jedną z technik opartych o metody ligacji adaptorów LM PCR (ang. Ligation Mediated PCR). Metoda ADSRRS znajduje zastosowanie w typowaniu genetycznym szczepów bakteryjnych. Ograniczenie liczby amplifikowanych fragmentów w technice ADSRRS odbywa się na zasadzie supresji reakcji PCR, która zachodzi, gdy następuje wewnątrzcząsteczkowa hybrydyzacja homologicznych fragmentów DNA. Metoda została wykorzystana do typowania genetycznego m.in.: Serratia marcescens, Enterococcus faecium, Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus aureus oraz Corynebacterium pseudotuberculosis.

Oferujemy również możliwość izolacji genomowego DNA szczepów poddawanych analizie.

Genotypowanie przeprowadzane jest przez ekspertów posiadających doświadczenie w danej dziedzinie, gwarantując profesjonalną analizę. W ramach świadczonej usługi otrzymają Państwo raport zawierający zdjęcia z wynikami przeprowadzonych analiz, uzyskane na ich podstawie dendrogramy powiązań genetycznych  oraz analizę uzyskanych wyników.

Zapraszamy do współpracy, dalsze informacje uzyskają Państwo kontaktując się z nami (info@dnagdansk.com).